モンスターの戦いによって壊滅的な被害を受けた地球。人類が各地の再建を計る中、特務機関モナークは未知の土地で危険な任務に挑み、巨大怪獣の故郷＜ルーツ＞の手がかりを掴もうとする。そんな中、ゴジラが深海の暗闇からその姿を現し、世界を再び危機へと陥れていく。その怒りの原因は何なのか。人類は対抗措置として、コングを髑髏島＜スカルアイランド＞から連れ出す。人類の生き残りをかけた争いは、ゴジラ対コングという最強対決を引き起こし、人々は史上最大の激突を目にすることとなる。人類になす術はないのか―。ゴジラを信じ、真意を探ろうとする者、故郷を求めるコングと心を通わせる少女。怪獣を取り巻く人間たちの思惑が錯綜する。ゴジラとコング、彼らは人類の味方か、人類の脅威か。自然界最強の力が激突する、地球の存亡を委ねた壮大な戦いが始まった。彼らはなぜ戦うのか―。果たして、この頂上決戦の勝者は―。
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