第二次ネオ・ジオン戦争（シャアの反乱）の終結から12年が経過したU.C.0105――。人類と宇宙世紀の未来を示すかと思われた“アクシズ・ショック”を経ても、世界は変わらず混乱状態にあり、断続的に軍事衝突が発生していた。地球連邦政府の腐敗もさらに進んでおり、上層部は地球の汚染を加速させただけでなく、強制的に民間人を宇宙へと連行する非人道的な政策「人狩り」を行っていたのである。そんな地球圏の腐敗に立ち上がったのが、「マフティー・ナビーユ・エリン」と呼ばれる人物が率いた秘密結社「マフティー」であった。彼らは地球連邦政府高官を次々と暗殺するという苛烈なテロ行為に手を染めていたが、連邦政府への反発を強める民衆からは一定の支持を得ていた。その「マフティー」を名乗り、指揮する人物こそ、かつて一年戦争にも参加した地球連邦軍士官ブライト・ノアの息子で、シャアの反乱にも参加していたハサウェイ・ノアであった。アムロ・レイ、シャア・アズナブルの理念と理想を肌で知る彼は、ふたりの意志を宿した戦士として、武力による抵抗から道を切り拓こうと画策していたのである。だが、連邦軍大佐ケネス・スレッグと謎の美少女ギギ・アンダルシアとの出会いが、彼の運命を大きく変容させるのであった。
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