雪が降り続く冬のある夜。ヒーロー社会を壊そうと目論む死柄木弔が率いる敵<ヴィラン>連合とその動きを事前にキャッチしたヒーローたちの戦闘が繰り広げられる中、人知れず静かに蠢く【何か】が目覚め、その場を去って行った。ちょうどその頃、出久たち雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの後を継ぐ“次世代のヒーロー育成プロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外ヒーロー活動のために日本のはるか南に位置する離島・那歩島(なぶじま)を訪れていた。ここしばらく大きな事件が全く起きていない平和な島で、出久たちは駐在ヒーローとして島の人々の生活を助け、忙しく、それでいてのんびりとした時間を過ごしていた。
しかしその静寂を切り裂くように、突如敵<ヴィラン>たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは、「ナイン」。あの夜、目覚めた【何か】そのものであった。出久や爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵<ヴィラン>に立ち向かう！果たして、島を襲うナインの目的とは！？そして、出久たち1年A組の“ニューヒーロー”たちは、この最凶の敵<ヴィラン>から島の人々を守ることができるのか―！？
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